يقع متحف التاريخ الطبيعي بمجمع وزارة التراث والثقافة بالخوير وللوصول إلى المتحف يمكن أن تسلك شارع الوزارات في اتجاه الشمال أو الدخول من شارع السلطان قابوس قدوما من دوار الخوير وذلك عبر المدخل الواقع يمين الطريق العام عند مستوى مبنى التزحلق على الجليد الواقع على الجهة اليسرى من الطريق. تظهر روعة التباين في معالم البيئة العمانية من خلال عروض الحيوانات والنباتات والمناظر الطبيعية الساحرة بالسلطنة التي تشاهدها في هذا المتحف وعلى الرغم من صغر مساحة المتحف إلا انه يزخر بكم من الحقائق التي يصعب على الكتب أن تحتويها أو تتضمنها ويوجد به حيوانات معروضة لا مثيل لها في البراري لقد عاشت في البيئة العمانية وماتت بصورة طبيعية.
يحتوي المتحف على العديد من القاعات حيث تضم كل قاعة بيئة مختلفة من البيئات الطبيعية التي تزخر بها الطبيعة العمانية منها: القاعة الخضراء التي تمتلىء بروح البيئة العمانية وطبيعتها الغنية المتنوعة إذ تحتوي على صور رائعة لعمان التقطت عن طريق القمر الصناعي وبها خريطة وصور توضيحية تبين أهم المعالم التاريخية للبلاد، كما تبرز أيضا في المتحف شروح مصورة ترافقها خزانات عرض لأهم المعالم الطبيعية التي تميز المناطق الست العمانية، فكل محافظة من محافظات السلطنة لوحة تعبر عن طبيعتها وتضاريسها السائدة فيها كالجزر وبقايا الحيوانات المتحجرة (الأحافير) والنباتات والثديات والطيور والبرمائيات والزواحف والحيوانات اللافقارية والحشرات وكنوز البحار المختلفة من القواقع والرخويات ومن القاعات الأخرى والشهيرة أيضا التي يضمها المتحف قاعة الحوت وبدخولك هذه القاعة تستطيع أن تدرك كيف تعيش الحيوانات الضخمة من الثدييات في عمق البحر الأزرق البارد ويوجد بالقاعة هيكل شبه كامل لذكر حوت العنبر صغير الذي مات في بركاء في عام 1986 م وتضم القاعة لوحات متنوعة لعشرين نوعا من الحيتان والدلافين وخنازير البحر العمانية.
يحتوي المتحف على العديد من القاعات حيث تضم كل قاعة بيئة مختلفة من البيئات الطبيعية التي تزخر بها الطبيعة العمانية منها: القاعة الخضراء التي تمتلىء بروح البيئة العمانية وطبيعتها الغنية المتنوعة إذ تحتوي على صور رائعة لعمان التقطت عن طريق القمر الصناعي وبها خريطة وصور توضيحية تبين أهم المعالم التاريخية للبلاد، كما تبرز أيضا في المتحف شروح مصورة ترافقها خزانات عرض لأهم المعالم الطبيعية التي تميز المناطق الست العمانية، فكل محافظة من محافظات السلطنة لوحة تعبر عن طبيعتها وتضاريسها السائدة فيها كالجزر وبقايا الحيوانات المتحجرة (الأحافير) والنباتات والثديات والطيور والبرمائيات والزواحف والحيوانات اللافقارية والحشرات وكنوز البحار المختلفة من القواقع والرخويات ومن القاعات الأخرى والشهيرة أيضا التي يضمها المتحف قاعة الحوت وبدخولك هذه القاعة تستطيع أن تدرك كيف تعيش الحيوانات الضخمة من الثدييات في عمق البحر الأزرق البارد ويوجد بالقاعة هيكل شبه كامل لذكر حوت العنبر صغير الذي مات في بركاء في عام 1986 م وتضم القاعة لوحات متنوعة لعشرين نوعا من الحيتان والدلافين وخنازير البحر العمانية.